Wenn das Bayerische Staatsministerium des Innern, für Sport und Integration oder ggf. der Bayerische Verfassungsgerichtshof dem Zulassungsantrag stattgibt, ist innerhalb von acht bis zwölf Wochen nach der Veröffentlichung im Staatsanzeiger das Volksbegehren durchzuführen (Art. 65 Abs. 3 LWG).

In dieser Zeit bis zum Beginn der Eintragungsfrist müssen die Gemeinden die notwendigen Vorbereitungsmaßnahmen treffen, z. B. die Wählerverzeichnisse aufstellen, die örtlichen Eintragungsstellen und die individuellen Eintragungszeiten ortsüblich bekanntmachen. Amtliche Wahlbenachrichtigungen an die Stimmberechtigten werden nicht versandt. Den Antragstellern bzw. Initiatoren des Volksbegehrens obliegt es, die Stimmberechtigten über ihr Anliegen im Einzelnen zu informieren und sie zur Eintragung aufzurufen. Sie müssen die Eintragungslisten beschaffen und den kreisfreien Gemeinden und Landratsämtern spätestens zwei Wochen vor Beginn der Eintragungsfrist zuleiten. Die Eintragungslisten müssen den vollen Inhalt des Volksbegehrens (Text und Begründung des Gesetzentwurfs) bzw. den Antrag auf Abberufung des Landtags enthalten (§ 78, Anlage 20 LWO).

Die Eintragungszeit beträgt zwei Wochen. Innerhalb dieser Zeit müssen die Gemeinden die Eintragungslisten zur Unterschriftsleistung durch die Stimmberechtigten bereithalten. Sie bestimmen die Eintragungsräume und -stunden so, dass jede stimmberechtigte Person ausreichend Gelegenheit findet, sich am Volksbegehren zu beteiligen. Landeswahlgesetz und Landeswahlordnung enthalten hierzu Mindestvorgaben, die jede Gemeinde beachten muss, u.a. Eintragungsgelegenheiten am Wochenende und am Abend. Eintragungsräume sind in der Regel die Rathäuser. Briefwahl gibt es beim Volksbegehren nicht. Wer wegen Krankheit oder körperlicher Behinderung während der gesamten Eintragungszeit nicht oder nur unter unzumutbaren Schwierigkeiten in der Lage ist, einen Eintragungsraum aufzusuchen, kann eine Hilfsperson mit der Eintragung beauftragen. Für Eintragungswillige in bestimmten Einrichtungen wie Altenheimen und Krankenhäusern sowie in Justizvollzugsanstalten sind besondere Eintragungsmöglichkeiten zu schaffen. Unter bestimmten Voraussetzungen können sich Stimmberechtigte auch in Eintragungsräumen anderer Gemeinden innerhalb Bayerns eintragen.